시리즈의 장대한 스토리 라인이 마침내 결말을 맺는 이번 에피소드3는 완결편답게 그래픽과 사운드,모든 면에서 전작을 뛰어넘는 퀄리티를 보여준다. 제노사가 에피소드2 `선악의피안`의 엔딩으로부터 일년 후, 주인공 시온,우즈키는 자신이 속한 조직인 벡터산업이 그노시스 현상에 깊게 관계하고 있는 것을 눈치챈다. 우주와 인류의 미래를 놓고 벌이는 대모험