동키콩 바난자의 무대는 거대한 지하 세계다. 바나나를 좋아하는 동키콩은 최근 황금 바나나가 발견된 잉곳섬에 방문하고, 갑자기 발생한 태풍에 휘말려 지하 깊은 곳으로 날아갔다. 그곳에서 특별한 노랫소리를 가진 소녀 폴린과 만난다. 바나나를 원하는 동키콩과 지상으로 돌아가고 싶은 폴린은 어떠한 소원이든 이뤄진다고 전해진 별의 중심을 향해 지하 세계를 모험한다. 기존 동키콩 시리즈에서는 동키콩에 사로잡혔던 폴린이, 이번에는 조력자로 활약하는 셈이다.