플레이어는 네르프의 특명수사관 이카리 신지가 되어 제3신도쿄시에 출현한 수수께끼의 살인귀 ‘사도’를 뒤쫓게 된다. 여기서 사도란 애니메이션 에반게리온에 등장했던 적 사도(使徒)와는 한자가 다른 사도(死徒). 단순한 말장난일지 심오한 의미가 있을지는 아직 확실치 않다. 어쨌든 이 사도의 연쇄 살인 범죄를 방지하기 위해 직접 수사를 진행해 나간다는 내용이다